Il Prof. Puppo è Direttore del Polo Urologico degli Istituti Clinici di Pavia e Vigevano del Gruppo San Donato, nonché Fondatore e presidente, dal 2000 al 2003, dell'Associazione Urologi Italiani (AURO.it). Dall'anno accademico 2000 al 2001 è stato Professore a Contratto presso la Scuola di Specializzazione in Urologia dell'Universita degli Studi di Genova. Dal novembre 2004, invece, è stato Professore presso la Scuola di Specializzazione in Oncologia dell'Università degli Studi di Genova.